أظهر تحقيق قامت به أجهزة الأمن الداخلي، بالتعاون مع شرطة إقليم القدس، مع خلية من ناشطي "حماس" من سكان القدس الشرقية، أنها كانت تخطط للقيام بهجمات على أهداف إسرائيلية، كما خططت لاغتيال عضو الكنيست إيتمار بن غفير، وتصنيع عبوات ناسفة وخطف جنود والقيام بهجمات على القطار الخفيف في القدس بواسطة مسيّرات. ووجهت النيابة العامة في إقليم القدس كتب اتهام إلى أفراد الخلية المتورطين في هذه الأعمال.
كما أظهرت التحقيقات أن الخلية عملت بتوجيهات من رشيد رشق، ناشط رفيع المستوى في "حماس"، ومن سكان القدس الشرقية. في الموازاة، جرى التخطيط مع منصور الصفدي، ناشط في "حماس" من أبو طور، للقيام بهجمات انتحارية في القدس. وكشف التحقيق أن أفراد الخلية خططوا للاختباء في الخليل أو جنين بعد تنفيذ هجماتهم. وعند إلقاء القبض على أفراد الخلية، عُثر على المسيّرة التي كانت ستُستخدم في الهجوم على القطار، وعلى كاميرا لتصوير المخطوفين، وأموال وعتاد تابع لحركة "حماس".
من جهة أُخرى، أعلنت النيابة العامة أنها تقدمت إلى المحكمة الإقليمية في القدس بكتاب اتهام ضد منصور الصفدي ومحمد سلايمة وحمزة أبو ناب، وهم من سكان القدس، وتترواح أعمارهم بين 19 و20 عاماً، بسبب تخطيطهم القيام بأعمال إرهابية ضد يهود، وضد القوى الأمنية، وضد عضو الكنيست إيتمار بن غفير.
وبحسب كتاب الاتهام، شكّل الصفدي وآخرون خليتين عسكريتين بقيادتهم لتنفيذ الهجمات، وكانت مهمة الخلية الأولى خطف جنود من أجل التوصل إلى صفقة تبادُل للأسرى، والقيام بهجمات ضد القوى الأمنية، وضد مواطنين، واغتيال بن غفير. ومن أجل هذا الغرض، حصل الصفدي على بندقيتين من طراز أم 16، ودرّب أفراد الخلية على استخدامهما. كما خطط، هو وسلايمة، من أجل وضع عبوة ناسفة في المسيّرة وتفجيرها فوق القطار الخفيف في القدس، أو فوق منازل يهود في أبو طور.